信息科学技术学院于2002年由原计算机科学技术系、电子学系和信息科学中心合并而成。1958年在原物理系无线电物理专门化、电子物理专门化等的基础上成立了无线电电子学系，1996年更名为电子学系；1978年，在原数学力学系的计算数学专业、无线电电子学系的计算机专业和物理系的部分专业的基础上成立了计算机科学技术系，包括计算机软件和微电子两个专业；1985年，为实现多学科交叉结合，数学系、计算机科学技术系、无线电电子学系等10个系（所）参与联合成立了信息科学中心。学院成立时，在信息科学中心的基础上成立国内首个智能科学系。信息科学技术学院共设立四个系：电子学系、计算机科学技术系、微纳电子学系、智能科学系。

2021年，面对未来科技发展的新机遇和新挑战，学校作出了加快新工科建设的战略部署，将信息科学技术学院的四个系升级为学科学院，分别成立了电子学院、计算机学院、集成电路学院、智能学院。与此同时，信息科学技术学院调整为本科生学院，专注于信息科学本科生人才培养。信息科学技术学院与四个学科学院紧密合作共建，探索形成信息科学人才培养的“北大模式”，建设“世界一流、北大特色”的新工科创新型人才培养高地。

信息科学技术学院和四个学科学院现有中国科学院院士7人，中国工程院院士5人（含双聘院士），教育部“长江学者奖励计划”特聘教授19人，国家杰出青年科学基金获得者36人，国家高层次人才特殊支持计划（万人计划）科技创新领军人才入选者10人，“百千万人才工程”国家级人选6人，青年拔尖人才支持计划入选者20人，青年“长江”学者8人，国家自然科学基金优秀青年科学基金获得者24人，国家自然科学基金优秀青年科学基金（海外）获得者53人。拥有8个国家（级）重点实验室、1个国家工程实验室、15个省部级重点实验室/工程研究中心，以及国家级、省部级实验教学示范中心各1个。覆盖“计算机科学与技术”、“电子科学与技术”、“信息与通信工程”、“软件工程”、“集成电路科学与工程”和“智能科学与技术”六个一级学科，其中“计算机科学与技术”、“电子科学与技术”和“软件工程”入选教育部世界一流大学和一流学科建设名单；在2020年第五轮全国高校学科评估中，“计算机科学与技术”、“电子科学与技术”和“软件工程”获评A+。学院“电子信息科学与技术”、“计算机科学与技术”、“微电子科学与工程”、“智能科学与技术”和“软件工程”5个专业入选国家级一流本科专业建设点，并获批国家集成电路产教融合创新平台。